几千年后，太阳神阿波罗又复活了。他带领他的神斗士，用他的神力让黄金圣斗士在黄道十二宫死亡后复活。他决心发动洪水，再造一个属于上帝的世界。他邀请雅典娜一起统治新世界。沙智假装同意，却伺机刺杀阿波罗，结果失败，反而被杀。修罗和卡妙首先受到挑战，但他们被三名上帝战士围困并死亡。圣斗士星矢知道雅典娜已死，于是来到太阳神庙与阿波罗算账。在路上，他遇到了子龙、冰川、瞬和一辉。最后，在黄金圣斗士的帮助下，五个人来到了阿波罗神庙，圣斗士星矢穿上了人马座的金衣，子龙和何冰分别穿上了主人天秤座和水瓶座的金衣。但在阿波罗的攻击下，只有箭避开了。圣斗士星矢虽然无法伤害阿波罗，却用小宇宙的力量拯救了雅典娜。圣斗士星矢重整旗鼓，发挥出超越神的力量，一箭将阿波罗射下。这个巨大的太阳终于落下了。