故事从圆明园开始。深夜，一名宫女在太医的掩护下袭击了雍正的卧室...


　　雍正暴死，人头丢了。下葬时用一颗金头代替。


乾隆继位后，立即秘密追查雍正的暗杀者。几经寻找，雍正时期文字狱最大的罪魁祸首，吕留良家族唯一的幸存者吕四娘，被认为是砍下雍正头颅的人。(吕四娘逃出文子狱后，被江湖上有名的独臂神尼收为徒。当他长大后，他获得了很大的技能。)乾隆下令“雍正无头案”不得泄露任何消息，并秘密命令内廷四大侍卫追捕吕四娘。领头的是伊尔根，一级保镖。


　　吕四娘其时正和太医曹太虚奔走在南方的某个小城里，行医卖艺。雍正晚年崇尚金石之术时，曹太虚原是皇上身边的方士之一。


乾隆志在必得，派特使到南少林，要求南少林派人暗中调查吕四娘和曹太虚的下落，追回雍正的人头。特使找到南少林老主持宣彤大师，将皇帝赐的龙卡交给他。他必须按照龙卡行事，不能出错。


　　此时南少林寺内正在热火朝天准备一次三十六房主持的竞选，这次竞选意义非同一般：谁当上三十六房主持，就成为南少林武功第一，也就是半个中国武功第一。寺内上下都明白最有实力者非方世玉与云明二人莫属。


特使建议最后谁赢谁就可以拿着龙卡去抓人。但是，宣彤明白，按照比武规则，诗雨和云明进入最后的决斗会被打死打伤，也会耽误他们神圣的生命。宣彤斩钉截铁地宣布，两人将进行南拳72式的比赛，直到现在，谁赢谁就可以凭龙卡执行朝廷交给的任务。云明知道自己的武功比不上诗雨，他想在最后的比赛中陷害诗雨，以赢得主持人的位置。面对突如其来的变故，他逆水行舟，硬是在比赛中输给了诗雨。他想借此机会在追踪吕四娘下落的途中杀死诗雨，并栽赃给吕四娘。这样，他就可以稳稳地坐在36号房间的椅子上。


　　方世玉邀请两位老朋友——“江湖老千”卓灵和“神偷”赵大宏(在第一部中本说到大宏已死，但世玉等人发现棺木里是空的，大宏死而复生。疑是三德和尚营救了大宏)一起踏上征程。世玉的恩师、三十六房的创始人三德和尚早已被逐出南少林，得知世玉接受朝廷指派任务出行的消息后，悄悄跟随世玉一行，暗中相助。


全州知府温荣玉绰号“玉虎”，在途中勾结云明加害方世玉。原来，他和云明都知道诗雨的一个秘密，那就是纹在他背上的一张“藏宝图”。明朝郑德年间，倭寇在南少林寺后山埋藏了一批珍宝，价值连城。知道这件事的三德和尚把藏宝图刻在了诗雨的背上，没有留下副本。因此，如果诗雨被杀，云明将负责，玉虎将获得带有人皮地图的宝藏。一举两得，只有共同努力才有最大的胜算！


　　云明和玉老虎想从世玉身边的亲密朋友下手，于是设计欲买通卓灵和赵大宏。卓灵和赵大宏知道了宝藏图，却瞒着对此事不知内情的世玉，打起了自己的算盘：好东西干吗不自己留着？


另一方面，三德和尚这次跟随诗雨的主要目的是为了保护藏宝图不受他人侵犯——其实他并不是真的被少林开除，而是被宣彤大师秘密安排在寺外与南少林见面，保护这份宝藏。


　　世玉一路乔装打扮，和卓灵、赵大宏寻访吕四娘下落，终于在三德的暗中帮助下发现了吕四娘和曹太虚的行踪。吕四娘与世玉几次交手，被世玉的盖世气质所征服，芳心萌动。世玉也对吕四娘有好感，并和卓灵分析吕四娘可能是被人陷害。卓灵见世玉偏袒女杀手，大为吃醋。


几乎与此同时，伊尔根率领的四名卫兵也发现了吕四娘的住处。他惊讶地发现南少林弟子也参与了此事，并发现世俗之玉有皇帝赐的龙卡，这让他无从下手。这时他也明白了，皇帝早就留了一手:让他们四个护卫和南少林和尚一明一暗，追查人头，殊途同归。因此，伊尔根害怕诗雨抢走他的第一个成果，他想在追捕吕四娘的途中同时杀死诗雨，以独占这一成果。但他万万没有想到，在方世玉即将被灭口的时候，吕四娘在关键时刻救了诗雨一命。


　　云明和玉老虎一伙也追踪宝藏图至此。赵大宏和卓灵与云明和玉老虎斗智斗勇，其目的保护世玉的同时也隐瞒着他们两人对那些珍宝的野心，所以也累也麻烦也快乐，神偷赵大宏差点被云明陷害，中毒后昏迷不醒，卓灵为救大宏更被云明推下悬崖。(是失踪了，也许还活着