虽然地球上的战争结束了，但是变形金刚之间的战争并没有结束。红蜘蛛飞回塞博的谭星球，打算和霸天虎部队一起返回地球，与汽车人决一死战。汽车人发现威震天的尸体不见了，而且被撒克巨人偷走了。威震天随后再次被激活，决心反击汽车人。与此同时，红蜘蛛也率领来自塞博的援军。一直生活在地球人类中间的汽车人，此时也加强了战斗力，一场大战不可避免。男孩山姆因为掌握了变形金刚起源和远古时期造访地球的线索，被霸天虎追杀。霸天虎试图活捉萨姆，以获取这一信息。汽车人、美军等多国部队联手抵抗霸天虎的进攻。最终，人类和汽车人打败了霸天虎，地球回归和平。