一天，一群使用风逸术的空袭战士袭击了火之国，无数人和忍者丧生。形势危急。根据纲手大人的说法，这群不速之客是在第二次忍者战争中失败的空之一族，现在他们带着复仇再次出现。卡卡西（由井上和彦配音）和其他人负责调查空之使命的巢穴，而鸣人（由竹内顺子配音）、木本樱（由中村千绘配音）和上田（由水井奈配音）奉命组成一个三人医疗队，协助名医神农（由石冢运升配音）前往其徒弟刘玉的家乡治疗伤员。另一方面，身患绝症的大蛇丸得知神农的再生已经完成，他命令佐助（杉山纪彰配音）去寻找神农。这也促成了佐助和他的前搭档之间的宿命重逢...【/h/]这部电影是《火影忍者》的第五部剧场版动画。