这一季的故事发生在上一季的三年后。在这一季中，托尼（卡洛斯·博纳德·卡洛斯·博纳德饰）和米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯·蕾可·艾尔丝沃斯饰）结婚并成为CTU的导演，而杰克（基弗·萨瑟兰·基弗·萨瑟兰饰）的女儿金加入CTU成为一名情报分析员。故事从一具被扔在洛杉矶健康中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一名墨西哥毒枭用致命病毒威胁他的兄弟，以便让美国政府释放他。杰克也走上了反恐调查的道路。在这一季中，杰克的调查并不顺利。为了打入毒贩内部，杰克染上了毒瘾，这导致他在调查中遇到了困难。在白宫，再次当选的总统鲍尔默（丹尼斯·海斯伯特·丹尼斯·海斯伯特饰）有一个私人医生女友，总统的弟弟韦恩已经成为他的得力助手。面对连任的压力，他必须解决这个问题。总统能像以前那样给予杰克强有力的支持吗？