14年前，第一只号角疑似神化的第一形态的觉醒带来了近三次冲击，使世界发生了前所未有的变化。在那之后，葛城三人（由小野田光志配音）和其他NERV总部出走，并建立了抵抗西莱和NERV的威尔。威尔委托明日香（由段丽阳·宫村配音）和李珍（由坂本真绫配音）夺回被封在卫星轨道上的号角机和宇嘉欣治（由绪方惠美配音），但绝对禁止信治登上号角机。感觉到周围的敌意，无知的真嗣跟着绫波丽（林原惠美配音）登上了突然入侵的九号飞机，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地遇到了非常想念他的凌波，并从他的父亲那里得知他将与美国青少年渚嘉和（由石田彰配音）一起驾驶第13架飞机。14年的空白，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的大久保为他揭开了各种不可思议的真相...【/h/]这部电影是伊娃新戏剧三部曲的第三部。